本課程主要介紹藻類在生物界的系統分類、演化上的地位角色，並介紹藻類之生理特性、生化、生態、分子生物、生物技術等。包括微細藻如藍綠藻、原綠藻、綠藻和相關類群、各群之單細胞鞭毛藻類、褐藻、紅藻等。此外也對藻類之光合作用特殊性，水域元素循環之角色如氮、磷、矽、鈣等，並特別對優養化問題，及藻類如何因應環境所呈現之季節性和適應性作介紹。藻類的生物技術，尤其對於藻類如何在未來人類和環境提供其貢獻，也是另一個介紹重點。